同行评审的预印本：对印度年轻研究人员的好处和局限

陈诺

  为了应对科学出版领域的变化动态，印度国家青年科学院 (Indian National Young Academy of Sciences, INYAS) 与国际科学理事会 (International Science Council, ISC) 和科学技术部政策研究中心 (Department of Science and Technology's Centre for Policy Research, DST-CPR) 合作，开展了一项在线研讨会，旨在提高人们对同行评审预印本及其对年轻研究人员的潜在好处的认识，并进一步努力打击印度的掠夺性出版。   莱顿大学科学技术研究中心教授兼副主任 Ludo Waltman 认为现有订阅期刊系统存在成本高、缺乏透明度、效率低下等问题，学术出版体系面临缺乏开放性、延误和低效率、成本过高和不平等、有问题的激励措施四大挑战。他主张通过开放获取采取更可行和可持续的方法，并认为预印本为现行系统提供了更具成本效益的替代方案。   印度在预印本发布方面落后于全球水平。在全球出版的 931,779 份预印本中，印度研究人员仅发表 775 份。预印本使用率低可能是由于优先考虑同行评审期刊出版物的根深蒂固传统、对职业发展和评估的担忧、潜在的知识产权问题、对预印本服务器的认识有限以及在公开共享之前优先进行同行评审的偏好。印度若想增强对全球开放科学运动的贡献并促进科学研究创新，需要系统地、协调一致地努力增加预印本的使用。当前研究人员轻松参与开放实践还存在众多挑战和机遇，挑战包括预印本出版仅在特定学科得到认可、预印本的期刊发表还不被广泛接受、预印本审查存在的偏见等，但同时印度大学资助委员会（University Grants Commission, UGC）指南允许预印本作为考核成果、公开评审结果的公平性等同样促进科学研究创新。

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发布时间: 2023-11-07

追逐糟糕的预印本

陈诺

2023年7月，The Lancet上首次发表预印本文章（SSRN上的预印本摘要），该篇预印本声称“尸检发现74%的新冠疫情死亡是由疫苗引起的”，预印本的 9位作者中有 6 位隶属于The Wellness Company，该公司是一家补充剂的供应商，奉行“摆脱药物”的理念。虽然该预印本在发布后 48 小时内被删除，但其在社交媒体上大肆传播后造成广泛舆论，当前预印本仍然在 Zenodo 上可查看，截至目前已获得超过 117,000 次浏览和近 100,000 次 PDF 下载。 The Lancet的预印本发布引发质疑，学者认为这是有风险性、误导性且不必要的，为什么要把医学界最好的期刊之一与未经审查且版本混乱的预印本捆绑在一起？当前意识形态被俘虏到何种程度才使得一个品牌随意侵蚀其学术价值？

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发布时间: 2023-11-07

定义同行评审的标准和新兴模型

谢鹏亚

  严格和公正的同行评审对于维护学术研究的完整性和质量标准至关重要，也是出版过程中不可或缺的一部分。虽然同行评审的早期形式早在17世纪就在欧洲出现了，但它只是在20世纪中后期才变得更加明显，当时出现了“同行评审”一词。20世纪40年代第二次世界大战结束后，随着复印机的出现，同行评审成为一种普遍做法，这使得向同一学科的专家分发论文变得更加容易。该领域的先驱之一是20世纪40年代末的《美国医学会杂志》，并且在接下来的几十年中被其他期刊沿用，包括1964年的《自然》杂志和1976年的《柳叶刀》。   同行评审被称为评估研究的“黄金标准”，不同出版商的同行评审各不相同，以适应他们的政策和偏好，并迎合学术界不断变化的需求。很难理解和评估这些形式的同行评审之间的主要区别，有些常被错误地互换使用。Aries systems在2023年8月17日发布同行评审的标准和新兴模型，下面列出简要概述。 （1）单向盲审   作者没有关于审稿人的信息，审稿人知道作者信息。   优点： ●审稿人因匿名而客观评审 ●审稿人可以参考作者以往研究来判断此研究的深度及可靠性   缺点： ●审稿人可能会对作者存在有意识或无意识的偏见 ●审稿人可能因匿名而对评审不负责任 （2）双向盲审   作者和审稿人互相不能查看信息。   优点： ●减少审稿人和作者有意识或无意识偏见的可能性 ●减少审稿人因发表意见而被评判的风险   缺点： ●审稿人和作者能够根据研究风格和类型来识别彼此 ●审稿人可能因匿名而对评审不负责任 （3）三重盲审   作者和审稿人都不知道对方的信息，编辑也不知道他们的信息。   优点： ●减少审稿人、作者和编辑有意识或无意识偏见的可能性 ●减少审稿人因发表意见而被评判的风险   缺点： ●审稿人、作者和编辑能够根据研究风格和类型来识别彼此 ●审稿人可能因匿名而对评审不负责任 ●因控制各环节匿名可能导致管理成本增高 （4）开放式同行评审   作者和审稿人互相知道身份。   优点： ●提高透明度和问责制，审稿人因互知身份而深思熟虑 ●审稿人可能得到更多认可 ●公开评审可以为作者和别的审稿人提供参考借鉴 ●提高公众/学术界对评审的信任度，增加评审过程的透明度   缺点： ●有些审稿人拒绝暴露自己身份，抗拒公开审稿 ●审稿人和作者可能会存在有意识或无意识的偏见，特别是在地理领域等作者较少的主题领域 （5）透明的同行评审   与论文报告一起发表评审，审稿人可以选择是否公开自己的身份。   优点： ●提高透明度和问责制，审稿人会慎重对待评审过程 ●审稿人可能得到更多认可 ●该领域的专家能够利用评审中的意见   缺点： ●资历较浅的审稿人可能难以对资深作者提出评审意见 （6）协作同行评审：第一类   作者可以在论坛上收到来自审稿人的反馈，并可以实时解决问题。   优点： ●人多力量大 ●可以通过协作的方式更快更好的培训初级审稿人 ●协作的方式可以激发出更多观点 ●资历较浅的研究人员可能比资深研究人员更了解当前研究的最新情况   缺点： ●自动化的审稿系统可能只允许提交一份审稿意见 ●难以评判协作过程中所有审稿人的贡献 ●评审小组的构成不一致会导致评审结果的差异 （7）协作同行评审：第二类   作者可以在论坛上收到来自审稿人的反馈，并可以实时解决问题。   优点： ●缩短评审过程的时间 ●可能不需要编辑充当中间人 ●协作过程中审稿人可以及时解决分歧   缺点： ●审稿人协作情况下可能无法实现审稿人和作者之间的实时讨论，因此需要多个审稿系统 ●编辑无法软化尖锐的评审意见，作者可能无法得到建设性意见之外的细节问题 （8）众审   合格的审稿人尽可能少地（或尽可能多地）评论，不过评审的绝对数量让编辑对论文的优点和缺点有全面的了解。   优点： ●缩短评审过程的时间 ●减少审稿人的工作懈怠 ●增加审稿人的多样性，减少偏见 ●减轻编辑联系审稿人的负担   缺点： ●需要设计专门的评审系统 ●相比于传统形式的同行评审，编辑会收到来自审稿人的更多评审信息 ●仍然是一种较新的同行评审方法 ●存在群体思维的风险 ●难以评判同行评审的可信度

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发布时间: 2023-11-07

通过预印本分享负面研究结果的好处

ScienceOpen

编者按：本文是ASAPbio“让你的负面研究结果成为预印本的赢家”的系列文章中的一篇，这些文章肯定了使用预印本分享负面和不确定的科学结果的价值。在这篇文章中，我们听到了来自University of Exeter Medical School & University of Glasgow的Lilya Andrianova的发言，她是预印本“没有证据表明小鼠前扣带皮层对海马形成的直接投射的补充数据来源”的第一作者。Lily解释了在她的领域里，一项出人意料的发表结果是如何促使她的小组独立验证这一发现的，以及为什么他们选择预印本来快速分享他们的研究结果。 问：请告诉我们关于您研究项目和预印本中报告的结果的一些情况。 答：最近有研究报道了大脑两个区域之间的直接兴奋性投射改变了大脑回路的领域。这个结果非常令人震惊，似乎推翻了多年的解剖学研究基础。而我们正在进行一个研究这些区域之间间接联系的项目，并试图独立验证这个新报告的直接投影。 对于像这样的解剖追踪项目，我们采用了多种方法，利用了病毒载体的机制。在这种情况下，我们使用了前向和后向的腺相关病毒载体；一种改良的狂犬病病毒，还在艾伦投影图集（一个在线的解剖学追踪数据存储库）上做了数据挖掘搜索以补充我们自己来自另一个独立来源的数据。我们的实验未能找到任何证据证明这种直接投影的存在。 问：你认为你的成果对你的社区最有价值的贡献是什么？ 答：这项研究最有价值的贡献是，它对病毒追踪方法的不足之处进行了有益的讨论。意识到这些是很重要的，特别是在寻找大脑中的新突起时。在立体定向手术中，重要的是要考虑到所使用的载体溢出到邻近的脑区，特别是重叠的皮质。由于许多皮层区域相互发送投射，观察到假的正向结果是很容易的。 问：为什么该小组决定将这些结果发布在预印本上？这对所有的共同作者来说是一个容易的决定吗？ 答：我们实验室认为，发布到预印本是一个很好的决定，因为这样可以从科学界收集更多的反馈，从而在向期刊投稿之前就改进稿件。我们还认为，迅速分享这些成果，以便在该领域内进行更广泛的讨论是很重要的；预印本是迅速分享重要成果的完美方式，否则可能会被出版过程耽误。发布预印本对我们来说是一个较为简单的决定。 问：为什么该小组决定将这些结果发布在预印本上？这对所有的共同作者来说是一个容易的决定吗？ 答：我们实验室认为，发布到预印本是一个很好的决定，因为这样可以从科学界收集更多的反馈，从而在向期刊投稿之前就改进稿件。我们还认为，迅速分享这些成果，以便在该领域内进行更广泛的讨论是很重要的；预印本是迅速分享重要成果的完美方式，否则可能会被出版过程耽误。发布预印本对我们来说是一个较为简单的决定。 问：你们是否将论文提交给期刊发表？ 答：是的，该稿件目前正在一家杂志上进行修改，希望很快可以发表。 问：您是否鼓励其他研究人员将负面结果写成预印本？我们怎样才能更好地认识负面结果的价值？ 答：当然会！随着神经科学研究中复制危机的到来，分享正面和负面的研究结果都是很重要的。发表负面的复制研究对科学界有很大的帮助，比如发现文章方法论上的差异，并提高研究方法的质量。同样重要的是，这样可以向早期研究人员表明，高质量的数据，即使是负面的结果，也值得发表。归根结底，报告一个否定的结果可以节省其他研究人员的时间。在一个研究资源有限的世界里，这符合所有人的利益。 转载自公众号：ScienceOpen 转载链接：https://mp.weixin.qq.com/s/jwadgbk42Pz_CFVb29ylcw （通过预印本分享负面研究结果的好处）

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发布时间: 2023-11-13

OSTP政策指南和公共获取受到攻击——强大的现任者会拯救它吗？

谢鹏亚

  2023年7月24日，Tom Ciavarella撰写了此篇客座博文，Tom是Frontiers在北美的公共事务和宣传主管，经营着一家与初创公司和STM出版商合作的咨询公司Smarter Learning。 在学术出版领域，“现任者”是指基于订阅的出版商。全球期刊科学出版市场约为270亿美元，五大付费墙出版社（Elsevier、Wiley、Springer Nature、Taylor & Francis和SAGE）占据了一半以上的份额。   白宫科技政策办公室（Office of Science and Technology, OSTP）2022年8月发布的政策指南让美国政府资助的研究及时免费向公众开放，这也就是纳尔逊备忘录（the Nelson Memo），美国政府将公平置于该备忘录的核心地位。美国人每年通过税收支付数十亿美元的科学研究费用，但其三分之二的研究成果被锁在出版付费墙之后。只有少数人能够获取科学研究成果，而不是为其付费的众多公民，这不足以作为科学政策或政府政策。   但是现在纳尔逊备忘录受到质疑。除了本届政府的许多其他举措外，对该计划的支持也被国会山狂热的政治氛围所席卷。这份备忘录发布的形式和节奏在一段时间内都不会明朗。   最近，这份备忘录被忽视，甚至是被放弃的早期迹象已经显现，以下是三个例子。 （1）首先，6月30日，美国国家标准与技术研究院发布了更新的公众访问计划和意见征询。本次计划首次设想12个月的公共获取禁令，可能包括一些联邦资助的研究文章，这种对备忘录原则的背离有可能破坏公众广泛获取的目标。 （2）随后，7月14日，美国众议院拨款委员会发布了商业、司法、科学和相关机构小组委员会的2024财年法案。该法案的第552条为：本法案或任何其他法案提供的资金均不得用于实施、管理、应用、执行或强制执行纳尔逊备忘录。如果此条通过并成为法律，将有效冻结纳尔逊备忘录一年（具体来说，到2024年9月30日本财年结束为止）。 （3）最后，7月，世界上最大的出版商之一的董事长在一篇社论中断言，传统出版商的变革性协议是开放科学知识的关键。变革性协议是一种市场机制，是金融问题的解决方案，而不是纳尔逊备忘录所要解决的科学和技术问题。   随着纳尔逊备忘录的实施路径变得更加清晰，交付模式逐渐形成，决策者应该建立对公共政策过程的认识和信任。所有类型的出版商都应该通过倡导积极的改变来承担更大的责任。Frontiers倡导更广泛的、完全开放的出版模式，无论是由政府还是私人资助的研究，Frontiers将继续代表一个由出版商、学会和学术组织组成的成熟生态系统公开、公正地发表意见。   战胜全球生存威胁在很大程度上取决于全面和即时获得最新的科学知识；完全开放的科学有助于满足公众对问责和信任的需求，因此在多元化的出版环境中捍卫纳尔逊备忘录至关重要。

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发布时间: 2023-11-07

释放临床试验数据的价值以改进决策

杨恒

  ConTech Pharma 2023是一场为期 1 天的网络研讨会，埃森哲生命科学行业创新首席总监兼战略与分析主管 Eric Little 博士将在会上分享报告《释放临床试验数据的价值以改进决策》。本演讲将展示埃森哲如何使用语义围绕标准集成临床数据，以提供高级类型的临床试验数据搜索和分析。   临床试验数据可能难以捕获并有效用于未来的决策活动，它包括寻找合适的患者、选择合适的地点、建立队列、了解数据中有价值的模式和趋势并比较不同试验的数据。利用基于人工智能的高级连接器，Eric Little 博士将展示如何仅使用在各种本体模型中捕获的元数据来跨异构数据源查找复杂的显著模式。可以通过不同格式（FHIR、SDTM 等）从事务源和历史源查询数据，返回的模式可以发送到强大的分析引擎，为客户最具挑战性的问题提供答案。该引擎预装了某些标准模型和算法，所有这些都可以针对给定客户的特定需求和用例快速轻松地进行扩展。该系统还可以管理数据访问、安全性，并限制当前围绕自动分析的可解释性挑战。

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发布时间: 2023-11-07

NISO宣布发布同行评审行业术语标准

ScienceOpen

  2023年7月5日，美国国家信息标准组织（National Information Standards Organization, NISO）于马里兰州巴尔的摩发布了《同行评审术语标准》（Peer Review Terminology Standard, ANSI/NISO Z39.106-2023），该标准将通过简化同行评审流程和实践的交流、提高同行评审过程的透明度来支持开放研究。   同行评审被公认为是研究过程的关键，可确保学术研究的质量和有效性。随着开放研究的发展和新同行评审模式的出现，人们开始关注评审过程的公平性，并要求提高其透明度。遗憾的是，由于不同出版物使用不同的术语，同行评审过程变得十分困难。于是，国际科学、技术和医学出版商协会（International Association of Scientific, Technical and Medical Publishers, STM）认识到了制定解决方案的重要性，于2019年成立了一个同行评审术语工作组。在勾勒出一套初步定义和最佳实践之后，STM希望NISO在这些努力的基础上制定一个正式的行业标准。   《同行评审术语》提供了一套简化的术语，将使采用该术语的期刊的作者、审稿人和读者对同行评审过程更加透明。这也将使社会各界更容易比较不同出版物的同行评审流程。新标准是针对文章和期刊出版物制定的，NISO常设委员会将来可能会涉及图书以及其他同行评审的研究内容。   主持这项工作的STM研究诚信部总监Joris van Rossum说：“我们很高兴同行评审术语工作现已成为ANSI/NISO标准，并期待着这一标准化工作能够方便采用和颁布。出版商的许多出版前试验为这一成果提供了实用信息，我们非常感谢STM和后来的NISO工作组成员的宝贵意见。”   NISO执行董事Todd Carpenter补充道：“通过合作和公开对话加强学术交流（这里指同行评审过程）的整体信任正是NISO标准的作用所在，我们很高兴能够在将同行评审术语带给更广泛的社区方面发挥作用。非常感谢Joris和工作组成员的精力和投入。我们期待着继续支持这一新标准的实施。”   同行评审术语标准可在以下网站免费获取:   https://www.niso.org/standards-committees/peer-review-terminology   关于NISO   NISO总部位于马里兰州巴尔的摩市，致力于促进标准的开发和维护，这些标准有助于信息的创建、持久管理和有效交换，从而使信息在研究和学习中的使用更具可信度。为了完成这一使命，NISO与图书馆、出版商、信息聚合商以及其他通过创建、组织、管理和整理知识来支持学习、研究和学术的组织进行合作。NISO在信息标准的整个周期内与各利益群体开展合作。NISO是由美国国家标准协会（American National Standards Institute, ANSI）认可的非营利性协会。欲了解更多信息，请访问NISO网站（https://niso.org）。 转载自公众号：ScienceOpen 转载链接：https://mp.weixin.qq.com/s/jwadgbk42Pz_CFVb29ylcw （NISO宣布发布同行评审行业术语标准）

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发布时间: 2023-11-13

PLOS 将把可访问数据扩展到更多文章和资料库

李善麟

  PLOS (Public Library of Science) 近日宣布扩大“可访问数据”（Accessible Data）试验的范围，该试验于 2022 年 3 月在威康信托基金（Wellcome Trust）的资助下首次推出。其“可访问数据”这一功能旨在通过在文章页面上以醒目的图标突出显示与特定资源库的链接，从而提高研究数据的共享和再利用。目前，PLOS的资料库已从最初的三个扩展到九个，这些资料库的数据量约占其文章链接产出的四分之三。   PLOS 起初进行“可访问数据”试验时设有两个总体目标。首先，提高与 PLOS 文章链接的数据集的再利用率；其次，通过在文章中直观地确认和奖励数据存储库的使用，提高作者对数据存储库的使用率。通过分析与PLOS 文章链接的 543 个 Figshare 数据集，发现每月平均浏览量相对增加了 20%。   PLOS 如今还有第三个目标，那就是了解读者对不同类型的数据和不同类型的研究成果的参与方式是否存在显著的差异。为了实现这一目标，PLOS 正在通过丰富资源库和产出类型来增加符合文章图标条件的文章数量。在下一阶段，符合以下条件的文章将显示图标： ●在 2016 年及之后发表 ●在其数据可用性声明中包含指向资源库中研究成果的链接，并且链接指向 Dryad、Figshare、Open Science Framework (OSF)、Github、Zenodo、Gene Expression Omnibus、Sequence Read Archive、BioProject或Demographic and Health Surveys 中的唯一记录   扩展图标有两个目的：首先，它将使用该功能的文章数量增加了三倍，达到 15,000 多篇，从而奖励了更多的研究人员，促进了发现研究数据和代码的潜力。其次，通过增加不同类型的资源库，PLOS 正在提高其学习潜力。我们增加了生命科学、社会科学和医学方面的专业资源库，以便更好地了解读者在特定领域资源库与通用资源库中的不同之处。下一阶段的实验结果将为未来支持发现和重用 PLOS 作者的研究成果的策略提供参考。   关于PLOS   PLOS 是一家非营利性开放获取出版商，通过引领研究交流的变革，帮助研究人员加快科学和医学的进步。自 2001 年成立以来，PLOS 期刊帮助打破了研究交流的界限，为研究人员和读者提供了更多的机会、选择和背景。

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发布时间: 2023-11-07

麻省理工学院出版社的 Direct to Open (D2O) 实现第二年目标，在 2023 年开放 82 本新书

李善麟

随着322家图书馆的参与和新的联盟协议，D2O出版模式现在已经开放了160多本学术专著和编辑集。由于参与直接开放(D2O)的图书馆的支持，麻省理工学院出版社将在麻省理工学院出版社直接平台上发布其2023个学术专著和编辑馆藏的完整列表(见下文)。 D2O于2021年启动，是一个可持续的、能够利用图书馆力量的并且支持开放和公平地获取重要的、领先的学术成果的标准。D2O 将学术图书从个人和图书馆购买单一电子书的单纯市场购买模式转变为图书馆支持的合作开放获取模式。 现在图书馆不再为单个馆藏购买一次书目，而是有机会通过参与费为全世界提供一次资助。 麻省理工学院出版社社长兼出版人艾米-布兰德（Amy Brand）说：“随着‘直接到开放’计划第二年的圆满完成，我们很高兴将出版社2023年的完整专著清单公开。这一成就是在开放科学、研究和出版的关键时刻取得的，如果没有D2O的合作与协作这一成就是不可能实现的。我们共同证明，开放存取学术不仅是可以实现的，而且是可持续和可扩展的。” 在第二年，全球共有322家图书馆承诺支持 D2O，比第一年增加了 33%。为了扩大 D2O 的国际影响力，该出版社还与 Big Ten Academic Alliance 和 Konsortium der s?chsischen Hochschulbibliotheken 签订了全包协议，并与澳大利亚大学图书馆员理事会、研究图书馆中心、大西部图书馆联盟、MOBIUS、东北研究图书馆、Jisc、学术图书馆合作与创新伙伴关系、SCELC 和 Lyrasis 签订了中央许可和发票协议。 明年出版社将努力扩大参加项目的图书馆的规模。参与的图书馆不仅可以为开架图书的出版做出贡献，还可以享受独家参与优惠，包括定期访问超过 2400 种图书。

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发布时间: 2023-11-07

基于政治动机审查预印本服务器

陈诺

2023年8月9日，美国血液肿瘤学家Vinay Prasad博士发现，他的实验室向medRxiv、SSRN、Zenodo等预印本服务器提交的出版物有38%未通过预印本平台的审查，理由是“需要谨慎对待医疗内容”。但这些出版物都符合科学实践和规范，且最终以相同内容发表在期刊上得到下载和引用，仅仅是因为文章内容涉及批评疾病预防控制中心、口罩和疫苗接种方案以及拜登政府。Prasad博士认为预印本服务器为科学报告和研究提供了一个开放空间，不应该因为与运行服务器的人观点相悖而拒绝文章。

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发布时间: 2023-11-07