耐多药和广泛耐药结核病(M/XDR-TB)仍然是一个全球性的公共卫生挑战。在基诺酮耐药性测定区域已知的突变不能完全解释表型氟基诺酮(FQ)耐药性在结核分枝杆菌(Mtb)。
应用全基因组测序(WGS)技术寻找与氟喹诺酮类药物耐药相关的Mtb新突变。
对659株结核分枝杆菌的全基因组序列进行了研究,包括214株具有表型FQ耐药性和445株泛敏感菌株,以确定与FQ耐药性和对个别药物(氧氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星和加替沙星)耐药性相关的突变。
根据筛选分析和360株泛易感验证组中未发生相关突变,确定了三个与FQ耐药性相关的新基因(recC、Rv2005c和PPPE59)。9个新的SNP包括gyrB(G5383A和G6773A)、gyrA(G7892A)、recC(G725900C和G726857T/C)、Rv2005c(C2251373G、G225172c和C2251725T)和PPE59(C3847269T)用于诊断性能分析。用gyrA(G7892A(Leu247Leu))、recC(G725900C(Leu893Leu)和G726857T/C(Arg484Arg))等5个新的SNP增强已知的SNP集,Rv2005c(g225142c(Pro205Arg))和PPE59(C3847269T(Asn35Asn))使FQ耐药Mtb的检测灵敏度从83.18%(178/214)提高到86.92%(186/214),同时保持100%的特异性(n=360)。未发现与单药(氧氟沙星、左氧氟沙星、莫西沙星或加替沙星)耐药相关的特异性突变。该研究报告了与Mtb的FQ耐药性相关的可能其他突变。